Название города Агсу, который в настоящее время является центром Агсунского района, в некоторых исторических источниках также упоминается как Ени Шамахи. Как поселение известно с 15 века. В 4-5 км от города находятся остатки средневекового города Агсу или Ени Шамахи, получившего название «Разрушенный город». Свое название он получил от одноименной реки, протекающей в этом районе.
Аббасгулу-ага Бакиханов в своем произведении «Гюлюстани-Ирам» упоминает, что в мае 1735 года Надир-шах основал в 4-х деревьях (37 км) города Шамахы, в очень благоприятном месте под названием Агсу, новый город. Это связано с переселением шамахинского населения в Агсу в тот период. Остатки древнего города, реликт 17 века (ныне называемого «Разрушенный город») расположены на юге современного города Агсу.
В 18 веке средневековый город Агсу стал крупнейшим городом Азербайджана по численности населения и территории. Крепость, построенная Надир-шахом близ села Агсу в мае 1735 года, долгое время была важнейшей резиденцией в этом регионе.
Хотя город был построен в короткие сроки, применили самую сложную градостроительную планировку своего времени. В ходе раскопок были обнаружены мощеные камнем улицы и дороги, водопроводные и канализационные трубы, ремесленные мастерские и т.д. это указывает на современную прогрессивную для своего времени городскую культуру.
Интересными для туристов объектами являются мавзолей «Аг Гюнбез» на юго-западе города, руины построек XVIII века на востоке Агсу и Девичий замок в селе Гурджуван.
22 октября 2019 года по распоряжению Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева на базе археологического туристического комплекса «Средневековый город Агсу» был создан Государственный историко-культурный заповедник «Средневековый город Агсу».